تأسست مدرسة الحكمة الخاصة عام 1992 في ثلاث مناطق؛ هي: الجرف، والنعيمية، ومصفوت. وتعتبر مختلطة حتى الصف الرابع، أما ما بعد الرابع، فتضم المدرسة صفوفاً للبنين وأخرى للبنات. تتبع المدرسة المنهاج الوزاري في دولة الإمارات العربية المتحدة خلال كافة الفئات العمرية والمراحل الدراسية.
تنقسم المراحل الدراسية في المدرسة إلى مرحلة الروضة 1 ومرحلة الروضة 2، ثم المرحلة التأسيسية "الحلقة الأولى" من الصف الأول وحتى السادس، والمرحلة المتوسطة "الحلقة الثانية" من الصف السابع وحتى التاسع، والمرحلة الثانوية "الحلقة الثالثة" من الصف العاشر وحتى الثاني عشر.
يمكن للطلاب من مختلف المدارس الانضمام لمدرسة الحكمة الخاصة ابتداءً من الصف التاسع أيضاً وفق شروط تتعلق باهتمامات الطالب وتحصيله الأكاديمي، ويضم المنهاج مواد دراسية مكثفة في الجوانب العلمية مثل الرياضيات، والفيزياء، والكيمياء.